Das Orient-Institut Beirut ist eine Gründung der Deutschen Morgenländischen Gesellschaft (DMG). 1961 nahmen der erste Direktor des Instituts, Prof. Dr. Hans Robert Roemer, und der erste wissenschaftliche Referent, Dr. Goetz Schregle, sowie ein libanesischer Mitarbeiter, eine Sekretärin (Marlies Abun-Nasr) und ein Hausmeister ihre Arbeit auf. Eine erste, provisorische Unterkunft befand sich in Ra’s Beirut. Wenig später sollte der kürzlich verstorbene Martiniano Pellegrino Roncaglia als Bibliothekar folgen. Die Finanzierung des Instituts übernahmen das Bundesministerium für Forschung und Technologie (BMFT, heute BMBF), die Fritz-Thyssen-Stiftung sowie die Volkswagenstiftung.

Bereits 1964 wurden die ursprünglichen Räume zu eng, so dass im zentrumsnahmen Viertel Zokak el-Blat ein altes Patrizierhaus erworben wurde. In der Folge fand eine enge Anbindung an wissenschaftliche Institutionen in Beirut, dem Libanon und der ganzen Region statt. Auch die deutsche Wissenschaft erkannte den Wert der neu gegründeten Institution und nutzte deren Angebote. Schon bald wurde es aber auch in der neuen Villa zu eng. 1973 wurde daher ein Anbau vollendet, der auf Jahrzehnte hinaus den Raumbedarf der schnell wachsenden Bibliothek decken sollte.

Diese gesamte Entwicklung wurde durch den libanesischen Bürgerkrieg (1975-1991) jedoch stark abgebremst. Die Literaturbeschaffung wurde diffiziler und auch die Arbeitsbedingungen für die Wissenschaftler wurden schwieriger. 1976/77 folgte eine erste kurzzeitige Evakuierung der deutschen Mitarbeiter. 1987 wurde die Situation für das Institut untragbar. Die Mitarbeiter wurden nach Istanbul evakuiert, wo sie bis 1994 blieben. Trotz der nahen Lage zur Green Line, die die Bürgerkriegsparteien trennte, blieb das Institutsgebäude von größeren Schäden verschont.

Die lange Verweildauer in Istanbul hatte im Nachhinein den positiven Aspekt, dass sich in der türkischen Metropole ein Schwesterinstitut etablieren konnte, dass auch nach der Rückkehr der Mitarbeiter nach Beirut weiterexistierte. Der Fokus der gesammelten Literatur und der Wissenschaft erweiterte sich um einen Schwerpunkt auf osmanische, türkische und zentralasiatische Studien.

2003 wurden beide Institute in die Stiftung Deutscher Geisteswissenschaftlicher Institute im Ausland überführt (DGIA). Es ist geplant, beide Institute in absehbarer Zukunft als voneinander unabhängige Einrichtungen zu führen.